이 외에도 학업·학교부적응, 대인관계도 청소년들에게 주요한 문제다. 학업·학교부적응은 방학기간에 사례가 줄어들고, 학기 중에서도 시험 결과가 나오는 기간에 주로 집약적으로 나타났다. 대인관계 상담은 1년 내내 꾸준히 나타나고 있다.
상담을 하는 청소년들을 살펴보면 주로 청소년 내담자(9세~24세)가 55.3%를 차지한다. 언어적인 의사소통이 가능한 초등학교 5-6학년이상의 학생부터 중·고등학교 학생들이 주를 이룬다. 청소년 자녀를 둔 학부모(31.9%), 청소년 지도를 담당하고 있는 교사(2.6%) 등도 주요 내담자다.
상담은 전화상담→접수면접→사례배정회의→상담자 배정 및 상담 시작 순으로 진행된다. 1388이나 전화상담실을 통해 내담자가 상담을 요청하면 1회 접수면접을 통해 내담자가 구체적으로 어떤 문제를 가지고 있고, 어떤 도움을 필요로 하는지 파악한다. 전문상담자들의 사례회의를 통해 내담자 상담이 가능한지, 누가 어떤 식으로 상담을 진행할지 결정한다. 상담자가 배정되면 본격적으로 개인상담이 시작된다. 상담은 주 1회 50분을 원칙으로 한다.
국가 지원을 받아 2005년부터 실시되고 있는 청소년전화 1388은 특히 청소년들이 상담원에 손쉽게 도움을 요청할 수 있는 창구 역할을 톡톡히 해내고 있다. 1388 개설 이후로 전화상담 이용률이 급증하였고, 2006년 청소년 전화 1388시스템이 안정화되면서는 일정한 전화상담 이용률이 유지되고 있다. 전화상담이라는 특성상 청소년들이 대면상담에서 말하기 어려워하는 성(15.6%)과 비행(13.2%) 등이 주를 이루어 청소년들이 상담자에게 다가올 수 있는 접근성이 높아진 것으로 파악할 수 있다. 특히 가출, 자살, 성문제 등의 위기상황에서 상담자들이 직접적으로 개입해 긴급구조가 필요한 경우 상담자들이 직접 현장까지 찾아가 청소년들을 안전한 시설(일시보호소)로 연계하거나 보호하는 적극적인 상담을 진행하고 있다. 그만큼 청소년들의 안전성을 강력하게 보장하고 있는 활동이다.

2005년부터 시작된 청소년 전화 1388의 24시 운영이 시작 되면서 한편 대면상담은 방학 중인 1월(10.7%)과 8월(10.0%)이 가장 높았고, 학기 중인 4월(6.1%)과 5월(6.5%)이 가장 낮았다. 반면 매체상담 중 전화상담은 1~2월 그리고 12월보다는 3월~11월이 꾸준히 높았으며, 사이버게시판·채팅상담은 7~8월(9.9%)이 가장 높았다. 청소년들이 방학 중에 직접 내방하는 상담과 인터넷을 이용한 상담이 활발하며, 학기 중에는 주로 전화상담을 이용하는 것으로 추측된다.